営業手当が残業代の定額払いであることが就業規則、採用通知（雇用契約書）に明文化されていないことは問題ですが、採用時にチームリーダーがその旨説明しているので、社員Ｓは営業手当に残業代が含まれているとは認識していたようです。
ただ、営業手当が残業代の定額払いであっても、その額が実際に計算した残業代より少ないときは差額を支給しなければなりませんので注意が必要です。
また社員Ｓは、事務職への異動と営業手当の減給について、賃金規程に降格・減給もあることや諸手当の減額についての規定が明記されていないこと、また、評価制度の明文化や例えば「評価基準書」などの指標もなく、評価の結果に対する個人面談など本人への説明もなかったので、事務職への異動と営業手当の減給について納得できなかったようです。
「解雇は不当」については、『事務職がいやなら退職してもよい』と告げられたので解雇されたものと思い、予告手当を請求してきたのでしょう。
また、会社は７月下旬に支給されるはずの賞与を払いたくないので解雇したのだと不信感を持ったようです。

社員Ｓは、会社と争ってまで復職したいとの希望はないようです。
また、離職理由が会社からの働きかけによる退職勧奨なら自己都合よりも失業保険が有利に受給できると考えたようです。
残業代の差額、解雇予告手当賃金１ヵ月分、賞与支給基準の基本給１ヵ月分、その相当額の支払いを目安にして、和解するように歩み寄ったらいかがでしょう。